Tato metoda je nejpoužívanější metodou pro sestrojení minimálního kódu.
Algoritmus:
1. Zdrojové znaky se uspořádají postupně podle pravděpodobnosti pi v klesajícím pořadí.
2. Zdrojové znaky se rozdělí na dvě podskupiny tak, aby součet pravděpodobností v obou skupinách byl přibližně     stejný.
3. První skupině se přiřadí kódový znak 1 a druhé skupině 0.
4. Každou podskupinu opět rozdělíme na dvě podskupiny s přibližně stejným součtem pravděpodobností.
5. Prvním podskupinám se přiřadí znak 1 a druhým 0. Tak získáme druhý kódový znak.
6. V dělení na skupiny pokračujeme dokud v každé podskupině nezůstane pouze jeden zdrojový znak.
Návrh efektivních kódů Shannon-Fanovou metodou můžete vyzkoušet zde