Využití PCR pro studium mikrobiologických biodegradačních procesů

Abstract

Cílem diplomové práce bylo ověřit funkčnost a optimalizovat podmínky primerů, jejichž produkty je možno aplikovat na TGGE. Skupiny použitých primerů byly převzaty z literatury a to jak universální primery pro Eubacteria, tak vybrané specifické primery pro některé taxonomické skupiny bakterií v rámci říše Eubacteria. Testovány byly primery pro Alfaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria a Actinobacteria. Rovněž byly optimalizovány některé parametry reakce s těmito primery. Jako templátová DNA byla použita DNA izolovaná z aktivovaného kalu z čistírny odpadních vod. Byla ověřena funkčnost všech primerů, avšak výjimkou byla Alfaproteobacteria, která se stanovovanou DNA opakovaně neposkytla očekávaný produkt. Jako obecný závěr můžeme konstatovat, že u optimalizace primerů je nejvhodnější snížení koncentrace primerů na 0,8 pmol/?l.