Multibakteriocinogenní kmeny Escherichia coli

Abstract

Escherichia coli se řadí mezi nejdůležitější střevní bakterie, které běžně obývají trávicí trakt teplokrevných živočichů, včetně člověka. Jedním z mechanismů, kterým si dobývá pozici v rámci mikrobiální populace je produkce antimikrobiálních látek bakteriocinů. V praktické části práce byla u 15 kmenů Escherichia coli izolovaných ze zvěřiny provedena detekce bakteriocinogenie. U 14 z 15 kmenů byla zjištěna schopnost produkce bakteriocinů, tyto produkční kmeny byly následně typizovány. Celkem 13 z testovaných 15 kmenů bylo multiprodukčních. Nejčastěji se vyskytujícími bakteriociny byly koliciny B, M, Ia/Ib a mikrocin B17. Byly vybrány čtyři kmeny, u kterých byl připraven roztok surové směsi bakteriocinů, a jejich antimikrobiální účinnost byla testována také kvantitativně. Kmen S7 s nejvyšším titrem byl vytipován pro následný aplikační výzkum. Ke studiu genotypových vlastností byla dále použita základní bioinformatická analýza bakteriálních genomů u kmenů 225, S35 a 28. U multiprodukčního kmene 225 se pomocí online nástroje MUMmer potvrdila přítomnost těch typů bakteriocinů, které byly zjištěny PCR typizací. Navíc byl v genomu nalezen gen pro mikrocin V u kmenů 225 i 28. Genomická analýza tudíž odhalila nové výsledky, které dokazují, že sekvenační data jsou nejpřesnějším nástrojem analýzy genotypu.