Real Time-PCR - nástroj pro detekci a kvantifikaci mikroorganismů

DSpace Repository

Login

Language: English čeština 

Real Time-PCR - nástroj pro detekci a kvantifikaci mikroorganismů

Show simple item record

dc.contributor.advisor Jančová, Petra
dc.contributor.author Bakalová, Jitka
dc.date.accessioned 2017-07-03T09:14:58Z
dc.date.available 2017-07-03T09:14:58Z
dc.date.issued 2017-02-03
dc.identifier Elektronický archiv Knihovny UTB
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10563/40803
dc.description.abstract Gram negativní bakterie mohou produkovat biogenní amin putrescin např. dekarboxylací aminokyseliny L-ornithinu za katalytického působení enzymu ornithindekarboxylasy, který je kódován genem speF, nebo z L-argininu, který je dekarboxylován za katalýzy enzymem arginindekarboxylasou (kódován genem adiA), za vzniku agmatinu, který je dále metabolizován za vzniku zmíněného putrescinu. Předkládaná práce je zaměřena na sledování vlivu faktorů (změny teploty a pH) na genovou expresi sledovaných genů adiA a speF u zvolené bakterie čeledi Enterobacte-riaceae (E. coli) kultivované v reálných vzorcích nízkotučného mléka a vepřové pomazánky (paštiky). Byla optimalizována metoda izolace bakteriální RNA ze zmíněných reálných vzorků. Dále byly ověřeny funkčnosti primerů a účinnosti reakcí (real time-PCR) pro jednotlivé geny (adiA, speF, gapA /housekeeping gen/) v reálných vzorcích. Bylo potvrzeno, že reakce probíhají s dostatečnou účinností (E = 90 - 110 %) i specifičností. Vyhodnocením genové exprese metodou relativní kvantifikace dle Pfaffla bylo zjiš-těno, že pH je faktorem, který expresi genů adiA i speF zvyšuje ve všech testovaných vzorcích. Ve vzorcích bujonu byl pozorován nárůst exprese obou genů   o 25 %; ve vzorku paštiky vzrostla exprese sledovaných genů daleko významněji (  5x). Naopak teplota je faktorem, který nejen že tlumí růst bakterií, ale snižuje i expresi obou sledovaných genů (  o 70 %), tak jak se ukázalo ve vzorku bujonu s přídavkem jednotlivých aminokyselin. Lze konstatovat, že sledované geny adiA a speF jsou geny inducibilní, a že faktory jako jsou teplota, pH či dostupnost jednotlivých substrátů genovou expresi ovlivňují.
dc.format 98 s.
dc.language.iso cs
dc.publisher Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně
dc.rights Bez omezení
dc.subject adiA cs
dc.subject speF cs
dc.subject genová exprese cs
dc.subject putrescin cs
dc.subject real time-PCR cs
dc.subject adiA en
dc.subject speF en
dc.subject gene expression en
dc.subject putrescine en
dc.subject real time-PCR en
dc.title Real Time-PCR - nástroj pro detekci a kvantifikaci mikroorganismů
dc.title.alternative Real Time-PCR - a Tool for the Detection and Quantification of Microorganisms
dc.type diplomová práce cs
dc.contributor.referee Doležalová, Magda
dc.date.accepted 2017-06-12
dc.description.abstract-translated Gram negative bacteria can produce biogenic amine putrescine, e.g. by decarboxylation of amino acid L-ornithine by the ornithine decarboxylase enzyme (this enzyme is encoded by the speF gene), or by decarboxylatio of L-arginine by the arginine decarboxy-lase enzyme (this enzyme is encoded by the adiA gene), which leads to generation of agmatine. Agmatine is further converted to putrescin. The thesis concentrates on monitoring of the effect of factors (temperature and pH changes) on gene expression of tested genes adiA and speF possessed by some Enterobac-teriaceae family members (E. coli) cultivated in real samples low-fat milk and pork spread (pate). The method of bacterial RNA isolation was optimized from the real samples mentioned above. Functions of primers and efficacies of reactions (real time-PCR) for ge-nes (adiA, speF, gapA /housekeeping gene/) were verified in the real samples. It was con-firmed that reactions are effective (E = 90 - 110 %) and specific. Using Pfaffl's relative quantification method, it was discovered that pH increases gene expression of adiA and speF in all tested samples. It was observed that gene expressi-on of tested genes increases   by 25% in broth containing amino acids; in pate it increases even more (  5x). On the contrary, the temperature factor inhibits grow of bacteria and also reduces gene expression of tested genes (  by 70%), as in broth containing amino acids. It was observed that genes adiA and speF are inducible genes, and factors such as temperature, pH or availability of substrate influence gene expression.
dc.description.department Ústav inženýrství ochrany životního prostředí
dc.thesis.degree-discipline Inženýrství ochrany životního prostředí cs
dc.thesis.degree-discipline Environmental Protection Engineering en
dc.thesis.degree-grantor Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně. Fakulta technologická cs
dc.thesis.degree-grantor Tomas Bata University in Zlín. Faculty of Technology en
dc.thesis.degree-name Ing.
dc.thesis.degree-program Chemie a technologie materiálů cs
dc.thesis.degree-program Chemistry and Materials Technology en
dc.identifier.stag 46712
utb.result.grade A
dc.date.submitted 2017-05-15


Files in this item

Files Size Format View Description
bakalová_2017_dp.pdf 1.815Mb PDF View/Open None
bakalová_2017_op.pdf 148.7Kb PDF View/Open None
bakalová_2017_vp.docx 75.01Kb Unknown View/Open None

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Find fulltext

Search DSpace


Browse

My Account