Vliv iontů na sekundární strukturu hyaluronanu v počítačových simulacích a experimentech

Abstract

Molekulová dynamika simuluje chování systémů na základě řešení pohybových rovnic jednotlivých atomů, přičemž vychází z párových vazebných a nevazebných interakcí mezi atomy. Díky nižší časové i finanční náročnosti oproti reálným experimentům jsou metody molekulové dynamiky stále častěji využívány ke studiu struktury a vlastností makromolekul. Cílem práce je popsat vliv různých iontů na strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD, navrhnout charakteristiky náhodného klubka, které by možné srovnat s experimenty, a tyto charakteristiky následně naměřit pomocí dostupných experimentálních metod.