Evolutionary Modeling of Cell Processes

DSpace Repository

Login

Language: English čeština 

Evolutionary Modeling of Cell Processes

Show full item record

No preview available
Title: Evolutionary Modeling of Cell Processes
Author: Sluštíková Lebedik, Anastasia
Advisor:
Abstract: Za účelem rozšíření znalostí biologických omezení mechanismů modelování je nezbytně nutné prozkoumat metabolické sítě, které řídí buněčné procesy. Složitost vazeb mezi jednotlivými komponenty těchto sítí dělá předpověď chování systému extrémně komplikovanou. Studium dynamiky metabolického systému zahrnuje identifikaci parametrů systému. Na základě vysokého počtu reakcí, nelineárních interakcí mezi různými metabolity, enzymy a jinými komponenty systému můžeme posouzení parametrů metabolických systémů formulovat jako problém nelineárního programování (NLP). V disertační práci zkoumáme výkon moderních evolučních metod v identifikaci parametrů známých metabolických systémů. Navíc jsou ještě vybrané evoluční algoritmy použity k modelování metabolického systému s neznámými vlastnostmi. Disertační práce poskytuje teoretické základy pro studium metabolických sítí. Evoluční algoritmy použité na problém modelování metabolických sítí jsou popsány v teoretické části. Experimentální část se skládá ze čtyř studií. Tři evoluční techniky: Genetický Algoritmus, Diferenciální Evoluce a SamoOrganizující se Migrační Algolritmus, jsou použity k definování parametrů tří známých metabolických systémů: močovinový cyklus, three-step pathway a glykogenolýza v kosterní svalovině. Jednou z unikátních předností této disertační práce je novátorské použití algoritmu SOMA, dosud nepoužitého v oblasti bioscience, k definici parametrů systému na základě experimentálně získaných dat. Zároveň je naše studie jednou z hlavních částí výzkumu metabolismu lidských kmenových buněk. Celkově výsledky modelování ukázali, že evoluční algoritmy poskytují efektivní přístup v nalezení parametrů metabolických modelů a mohou být aplikovány při hledání řešení rozsáhlých problémů modelování metabolických sítí.
URI: http://hdl.handle.net/10563/27274
Date: 2007-06-07
Availability: Bez omezení
Department: Ústav informatiky a umělé inteligence
Discipline: Inženýrská informatika


Citace závěřečné práce

Files in this item

Files Size Format View
sluštíková lebedik_2013_dp.pdf 7.587Mb PDF View/Open
sluštíková lebedik_2013_vp.pdf 23.04Kb PDF View/Open
sluštíková lebedik_2013_op.pdf 341.3Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record

Find fulltext

Search DSpace


Browse

My Account